1985年，《中共中央關于科學技術體制改革的決定》提出“調(diào)整科學技術系統(tǒng)的組織結(jié)構(gòu)”，1996年國務院《關于“九五”期間深化科技體制改革的決定》進一步強調(diào)“科技體制改革以獨立科研機構(gòu)特別是中央部門所屬科研機構(gòu)為重點”。經(jīng)過十多年的科技體制改革，研究與開發(fā)機構(gòu)的組織結(jié)構(gòu)和運行機制已發(fā)生重大變化，有的機構(gòu)已經(jīng)成為科技型企業(yè)，部分機構(gòu)已成為研究、開發(fā)、工程設計和生產(chǎn)銷售一體化的單位。在多年改革的基礎上，1999年2月國務院決定對國家經(jīng)貿(mào)委管理的10個國家局所屬的242個研究與開發(fā)機構(gòu)實行轉(zhuǎn)制。
　　 率先進行轉(zhuǎn)制的242個機構(gòu)中，131個進入企業(yè)（集團），40個轉(zhuǎn)為科技型企業(yè)，18個保留事業(yè)單位性質(zhì)轉(zhuǎn)為中介機構(gòu)，24個并入學校劃轉(zhuǎn)其他部門或撤并，29個轉(zhuǎn)為中央直屬的大型科技企業(yè)。
　　在242個轉(zhuǎn)制機構(gòu)的示范和推動下，以企業(yè)化轉(zhuǎn)制為重點、組織結(jié)構(gòu)調(diào)整為核心、推進國家創(chuàng)新體系建設為目標的研究與開發(fā)機構(gòu)的轉(zhuǎn)制改革在全國范圍內(nèi)展開，取得了明顯進展。繼1999年242個機構(gòu)轉(zhuǎn)制以后，2000年10月，建設部等11個國務院部門屬134個技術開發(fā)類機構(gòu)開始實施轉(zhuǎn)制，公益類研究與開發(fā)機構(gòu)的分類改革于2000年啟動， 2004年底前按照改革方案全部實施到位。地方開發(fā)類研究與開發(fā)機構(gòu)轉(zhuǎn)制大都已形成方案，地方公益類研究與開發(fā)機構(gòu)的改革也在積極推進。
　　 截至2001年底，共有1232個研究與開發(fā)機構(gòu)已經(jīng)轉(zhuǎn)制和正在進行轉(zhuǎn)制，其中923個轉(zhuǎn)制到位。已轉(zhuǎn)制到位的機構(gòu)共有從業(yè)人員19.3萬人，科技活動人員10.3萬人,科技經(jīng)費籌集額148.1億元，科技經(jīng)費支出138.6億元，這些人員和經(jīng)費資源量占當年全國研究與開發(fā)機構(gòu)與轉(zhuǎn)制機構(gòu)資源總量的20%左右。研究與開發(fā)機構(gòu)的轉(zhuǎn)制，使我國以政府部門屬研究與開發(fā)機構(gòu)為主體的原有科技系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)發(fā)生了明顯的變化。